Основным осложнением в ортокератологии, как и в дневной контактной коррекции, является микробный кератит. Частота его возникновения ниже, чем у пациентов с мягкимии контактными линзами, и составляет, по данным последних исследований, 4,9−5,3 случаев на 10 000 пациентов в год.